Desaparición, secuestro agravado y tortura sicológica son los cargos que pesan contra el ex militar encargado del operativo.

La Fiscalía lo sindicó de la desaparición de Irma Franco, integrante del M-19, y de Carlos Augusto Rodríguez y Cristina Guarín, empleados de la cafetería que funcionaba en el cuarto piso del edificio, e indicó en su escrito de acusación, que la tortura es producto de la vulneración de los derechos de los familiares de los desaparecidos, que han sido "blanco de tortura" por desconocer la suerte de sus seres queridos durante 23 años. El Fiscal general Mario Iguarán firmó las conclusiones de la investigación que por casi dos años han  tratado de comprobar las circunstancias y responsabilidades sobre once personas que fueron liberadas y cuyo rastro se perdió. El coronel en retiro Alfonso Plazas Vega es hasta ahora el oficial de mayor rango en afrontar un juicio por la desaparición de tres personas del Palacio de Justicia, La decisión admite, para la defensa de Plazas, los recursos jurídicos de apelación, pero si en segunda instancia se mantiene Plazas deberá demostrar su inocencia ante un juez especializado de Bogotá, y mientras tanto, permanecer como hasta ahora privado de libertad.