La organización internacional rechazó los intentos de la defensa del militar retirado para que el sistema judicial castrense tome la jurisdicción del caso de las desapariciones de la toma del  Palacio de Justicia en 1985.

En un comunicado, Amnistía Internacional declaró que "bajo ninguna circunstancia los tribunales civiles deben conceder la jurisdicción de este caso a las cortes militares"

Plazas Vega fue arrestado en julio del 2007, en relación a 11 desapariciones ocurridas tras el asalto militar contra el Palacio de Justicia de Bogotá, perpetrado en 1985 por la guerrilla M-19.

La organización afirmó que si ese caso pasa a la justicia castrense, ello contribuirá a fortalecer la impunidad que caracteriza aún a Colombia y subrayó que "el sistema de justicia militar ha sido clave en asegurar que la impunidad continúe siendo un rasgo definitorio del largo conflicto interno en Colombia".