Hombres del CTI lo detuvieron en el Club Militar de Bogotá, por las declaraciones de los paramilitares Mancusso, alias "HH" y alias "El iguano" que lo comprometen  en sus actividades ilicitas.

Rito Aléjo del Rio deberá responder ante la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía por el delito de homicidio en persona protegida.

Además la Procuraduría General de la Nación solicitó a la Corte Suprema de Justicia reabrir el caso de paramilitarismo que el ex fiscal Luis Camilo Osorio precluyó a favor del general (r) en 2004.

El ex oficial que fue Comandante de la XVII Brigada el 11 de diciembre de 1995, con sede en Carepa (Antioquia), con jurisdicción en los municipios del Urabá Antioqueño enfrenta cargos por omisión por no combatir las acciones de grupos armados al margen de la ley y deberá responder por las masacres ocurridas en esa zona entre 1996 y 1997. 

En este momento es trasladado a los calabozos del Bunquer de la Fiscalía.