El plan para la operación de rescate inició en 2005.

La entrega de Emmanuel al Bienestar Familiar del Guaviare por parte de un miembro de las FARC y las dos liberaciones auspiciadas por el gobierno de Venezuela, mostraron tres puntos que permitieron ubicar la zona en la que se movían los secuestrados. La primera información data de finales del año 2005.

La operación inició con el trabajo de cuatro jóvenes de la Central de Inteligencia del Ejército CIME. Ellos comenzaron el seguimiento en noviembre de 2005 cuando alias "César", el comandante del frente primero de las FARC, entregó al niño Emmanuel a José Crisanto Gómez, para que lo cuidara. La segunda parte inició con la fase de penetración y de infiltración. En penetración, los agentes lograron obtener información a través de un miembro del frente primero que se sometió a un proceso de reclutamiento. Luego se ejecutó la infiltración con agentes de inteligencia y del mismo informante que fue entrenado para mantener el control y la relación con alias "César".

Cuando fue entregado Emmanuel a su madre, los uniformados grabaron el sitio donde estuvo el niño, lo compararon meses después con el lugar de entrega de Clara Rojas y Consuelo González, luego con el sitio de liberación de los demás políticos y con un lugar donde supuestamente, iban a entregar a Ingrid Betancourt. Todas las coordenadas coincidieron en el departamento del Guaviare. El ejército trianguló. La región donde estaría Ingrid y sus compañeros quedó reducida a esta área, 70 kilómeros de San José del Guaviare y 50 de Tomachipán. Durante el seguimiento, los agentes conocieron que el Mono Jojoy ordenó trasladar a los secuestrados hacia un lugar donde estaría "Alfonso Cano", para usarlos como escudos de protección. Durante la conversación, según fuentes de inteligencia, fue interceptada la comunicación, se clonó el radio de "Jojoy" y se suplantó al jefe guerrillero. El proceso continuó aparentemente igual. Alias "César" siguió recibiendo órdenes del supuesto "Mono Jojoy" que logró convencerlo de unir a los secuestrados y trasladarlos en helicópteros porque había militares en la ruta de encuentro con Alfonso Cano. Al lograrlo, la inteligencia militar inició el plan de rescate.