El gobierno americano aceptó la solicitud de las autoridades ecuatorianas de dar por terminado el “acuerdo de cooperación” que suscribieron ambas naciones el 12 de noviembre de 1999 y retirar las tropas en agosto de 2009.

La Base de Manta generó críticas por parte del gobierno ecuatoriano desde la posesión de Rafael Correa; hechos que se agudizaron desde que comenzó la crisis con Colombia por considerar que el gobierno de los Estados Unidos, a través de de la Base de Manta estaría apoyando el “Plan Colombia” y no cumpliendo una misión antinarcóticos como estaba estipulado en el acuerdo de 1999.

El acuerdo sobre la base de Manta se aprobó durante el Gobierno del ex presidente ecuatoriano Jamil Mahuad cuyo mandato concluyó anticipadamente en enero de 2000, luego de que aprobara la dolarización de la economía ecuatoriana y en medio de la peor crisis financiera de la historia de ese país.