En la base de Manta funciona el puesto de Operaciones Avanzadas (FOL). Opera mediante plataformas portátiles de inteligencia, aeropuertos para vehículos de reconocimiento aéreo y conexión inmediata con el Centro Espacial de Guerra de la base aérea de Schrever, en Colorado Springs, Estados Unidos.

La base de Manta tiene un número limitado de 475 militares estadounidenses que operan con equipos de detección, rastreo, monitoreo y control aéreo. Tienen además la capacidad de suministrar información de inteligencia en tiempo real a cualquier unidad aérea o de superficie en el continente.

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El Comando Sur cuenta en Manta con el respaldo de asesores de Dyn Corp, la empresa comprometida en el entrenamiento de fuerzas especializadas en seguridad como las que operan en Irak.

Los uniformados norteamericanos tienen buques de guerra como el USS McClusky, y otras 26 embarcaciones entre destructores, guardacostas y fragatas.

El Presidente ecuatoriano Rafael Correa, negó la renovación de la concesión. Los militares estadounidenses saldrán de Manta en noviembre de 2009.