La nueva cúpula militar, encabezada por los generales Luis Fernando Navarro, en el Comando General, y Nicasio Martínez, en el Comando del Ejército, implica el retiro de varios oficiales. Ocupaban altos cargos y no podrían continuar porque tienen mayor tiempo en armas que los nuevos comandantes. Por ejemplo, a la salida del general Alberto Mejía del Comando General se sumará la del general Juan Bautista Yepes, quien era el jefe del Estado Mayor.

También se va el general Germán Saavedra del Comando Estratégico de Transición y el general Jairo Salguero de la Inspección General.

También sale de la línea de mando, por la misma razón, el general Juan Pablo Amaya, agregado ante el Colegio Interamericano de Defensa en Washington.

Todos estos retiros son motivados porque los generales Navarro, en el Comando General, y Martínez, en el Comando del Ejército, tenían menos antigüedad que quienes deben retirase ahora, precisamente por esa razón.